PNA 設計注意事項：

1. 從理論上講，PNA 可以從兩個(gè)方向和目的片段形成雜交體，但實(shí)際上，最常見(jiàn)的是反向結合 (anti-parallel orientation)。

2. 通常 PNA-DNA 雙鏈比相應的 DNA-DNA 雙鏈的 Tm 值高。大概每個(gè)單體 Tm 值可提高 1℃。

3. 由于 PNA 與對應的 DNA 序列具有高親和力，因此 PNA 不需要太長(cháng)，一般 12-21 個(gè)堿基就可以。

4. 強烈建議防止自身互補 (Self-complementarity) 的發(fā)生。在序列設計上，避免反向重復 (inverserepeats)，發(fā)夾結構 (hairpinforming) 以及回文序列 (palindromic sequences)。因為 PNA 與 PNA 之間的相互作用非常強，比PNA跟DNA之間的作用強多了。

5. PNA 序列中的嘌呤含量不要太多，應低于60% ，因為嘌呤越多，溶解性越差。同時(shí)要避免 6 個(gè)嘌呤連續在一起，特別是 4 個(gè)以上的 G 連續在一起。

6. 為了提高 PNA 的溶解性，可以在序列中加入 O linker，E linker， X linker 或者 2個(gè)Lys。

PNA 設計預測：http://www.mannahuang.com/tool2.asp?flag=6